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在醫藥方面，檸檬酸鈉的用途也很廣泛。利用檸檬酸根與鈣離子能形成可溶性絡合物的特性，可用作抗凝血劑和輸血劑，保存和加工血制品。檸檬酸鈉作為防腐劑，用于保存糖漿等藥物。檸檬酸鈉注射時和鉀鹽一樣，用于矯正血液、體液及尿液的酸度，作為利尿劑、化痰劑等。檸檬酸鈉與別的試劑配伍可用于提取、純化動物肝臟核糖核酸。
檸檬酸鈉具有水溶性好、對水中的Ca2+、Mg2+等金屬離子具有優良的螯合能力、能發生生物降解、分散能力及抗再沉積能力強等特點，因此正逐漸成為三聚磷酸鈉的替代品，被用來生產無磷洗衣粉，尤其是無磷液體洗滌劑。洗滌劑中加入一定量的檸檬酸鈉，能明顯增加洗滌劑的去污能力。
含檸檬酸鈉的液體洗滌劑具有優良的洗滌性能，因此，國內外已經開發出多種專用洗滌劑。含檸檬酸鈉的液體洗滌劑還具有其他的優良性能，如有的含檸檬酸鈉專用清洗劑對某些金屬器具無腐蝕性，因而可專門用于清洗貴重的精密儀器等;有的含檸檬酸鈉專用洗滌劑清洗器具后，金屬表面光亮如新，而且，清洗后的廢液經過處理能再生重復利用，降低了洗滌成本。有報道指出，為了解決蔬菜水果等食物上的農藥殘留問題，有關專家已研制出含檸檬酸鈉的蔬菜水果農藥殘留專用清洗劑。
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